Prima parte

1. Introduzione: (capitoli 1-8, episodi 1-5), vengono presentati i protagonisti, Naruto, Sasuke, Sakura e Kakashi, e viene narrata la formazione del Gruppo 7.
2. Paese delle Onde: (capitoli 9-33, episodi 6-19), il gruppo è in missione per proteggere Tazuna, il costruttore di ponti, da Gatoo, un imprenditore navale che vuole ucciderlo per impedirgli di costruire un ponte che gli toglierebbe il monopolio sul paese delle Onde. I protagonisti si scontrano con Zabuza Momochi e il suo compagno Haku.
3. Esame di selezione dei Chunin: (capitoli 34-114, episodi 20-67), Naruto, Sasuke e Sakura sono candidati da Kakashi a diventare Chunin. Vengono presentati molti personaggi chiave, tra cui Orochimaru, Kabuto e Jiraiya.
Nara Shikamaru del villaggio della foglia diventa chunin.
4. L'invasione della foglia: (capitoli 115-138, episodi 68-80), Orochimaru attacca il villaggio della foglia assieme ai ninja del Villaggio del Suono e a quelli del Villaggio della Sabbia. Naruto si batte con Gaara e lo sconfigge; il Terzo Hokage affronta Orochimaru, e riesce a fermarlo a costo della vita.
5. Ritorno di Itachi: (capitoli 139-148, episodi 81-85), Itachi, fratello di Sasuke, torna al villaggio della foglia assieme a Kisame Hoshigaki per catturare Naruto. L'organizzazione di cui fa parte, Alba, infatti, gli ha ordinato di prendere la Volpe a Nove Code. Viene spiegata in parte la relazione fra Sasuke e il fratello. Sia Kakashi che Sasuke vengono sconfitti dallo Sharingan ipnotico di Itachi.
6. Tsunade: (capitoli 149-175, episodi 86-100), assieme a Naruto, Jiraiya parte alla ricerca di Tsunade, l'unica donna parte dei tre ninja supremi, per offrirle il ruolo di Quinto Hokage. Nel frattempo, anche Orochimaru e Kabuto la cercano per curare le braccia del primo, paralizzate nello scontro con il Terzo Hokage.
7. Inseguimento di Sasuke: (capitoli 176-238, episodi 107-135), Sasuke scappa dal Villaggio irretito da Orochimaru, che lo tenta offrendogli il potere di vendicare il suo clan e di uccidere suo fratello Itachi. Naruto, con Shikamaru Nara, Kiba Inuzuka, Neji Hyuga e Choji Akimichi, lo insegue, e per riportarlo indietro, affronta il Quartetto del Suono e Kimimaro, con l'aiuto di Gaara, Kankuro e Temari. Con il fallimento della missione ed il ritorno di Naruto al Villaggio si conclude la prima parte del manga.


Intermezzo

1. Kakashi Gaiden: (capitoli 239-244), viene narrata la storia di Kakashi durante la Guerra dei Ninja. Viene rivelata anche l'origine del suo Sharingan.


Seconda parte

1. Introduzione: (capitoli 245-247), due anni e mezzo più tardi, Naruto, più grande e più forte, ritorna al Villaggio dopo essere stato addestrato da Jiraiya. Qui reincontra Sakura e Kakashi, e parecchi altri personaggi.
2. Salvataggio di Gaara: (capitoli 248-281), Gaara, divenuto Kazekage, viene rapito da Deidara e Sasori, due membri di Alba, che vogliono il tasso demoniaco contenuto nel suo corpo. Il team Kakashi, assieme al team Gai e alla nonna di Sasori, Chiyo, si reca in missione per salvarlo.
3. Ritorno al Villaggio: (capitoli 282-284), per aver utilizzato lo Sharingan ipnotico, Kakashi non può muoversi, e al team si aggiungono temporaneamente Yamato, un membro della squadra speciale, come capitano, e Sai, membro del Root, al posto di Sasuke.
4. Ponte del Cielo e della Terra: (capitoli 285-300), il team Kakashi cerca di catturare una spia di Sasori infiltrata fra i seguaci di Orochimaru. La missione fallisce quando la spia, Kabuto, si rivela ancora fedele ad Orochimaru; Naruto si batte con il membro dei tre ninja supremi.
5. Nascondiglio di Orochimaru: (capitoli 301-310), il team Kakashi attacca la base di Orochimaru all'inseguimento di Sai, che li ha traditi per ordine del suo superiore, Danzo. Riappare Sasuke, notevolmente più potente, che rivela di essere disposto a cedere il suo corpo ad Orochimaru pur di ottenere il potere di uccidere il fratello.
6. Allenamento di Naruto: (capitoli 311-?), Naruto inizia un nuovo allenamento per creare una tecnica originale. Nel frattempo Alba cattura i demoni a due e tre code, e distrugge un tempio nel Paese del Fuoco.